Bóng Đêm Bí Ẩn là tác phẩm điện ảnh đầy kịch tính xoay quanh hành trình tìm kiếm công lý của Bae Min-tae, một cựu thành viên băng đảng nay đã trở thành công nhân xây dựng. Bi kịch ập đến khi em trai Seok-tae của anh bị sát hại còn người vợ Moon-young thì mất tích đầy bí ẩn, buộc Min-tae phải dấn thân vào cuộc điều tra nguy hiểm để tìm ra sự thật.
Trong quá trình truy tìm manh mối, Min-tae tình cờ gặp gỡ tiểu thuyết gia nổi tiếng Kang Ho-ryeong, người từng viết về cái chết của Seok-tae trong tác phẩm bán chạy nhất của mình một cách đầy khó hiểu. Sự kết hợp bất đắc dĩ giữa hai người đàn ông đã dẫn họ vào mê cung của những bí mật đen tối, nơi họ phải đối mặt với sự truy đuổi từ tổ chức tội phạm cũ của Min-tae cũng như sự can thiệp gắt gao từ phía cảnh sát.