Bộ phim Đặc Vụ Ngầm đưa khán giả bước vào thế giới đầy kịch tính của một chương trình bí mật do CIA vận hành. Tại đây, những chiến binh tối thượng được đào tạo để tiêu diệt mọi kẻ thù của nước Mỹ, sau đó sống dưới vỏ bọc người dân bình thường với ký ức về quá trình huấn luyện hoàn toàn bị xóa sạch.
Mọi chuyện bắt đầu vượt ngoài tầm kiểm soát khi những cỗ máy giết người này bất ngờ bị đánh thức ngoài ý muốn. Khi những đặc vụ này dần nhận ra thân phận thật sự, cán cân quyền lực vốn được thiết lập cẩn thận đang đứng trước nguy cơ bị đảo lộn hoàn toàn.