Bộ phim Giếng Trời đưa khán giả bước vào cuộc sống bình lặng nhưng đầy u ám của Haru, một chàng trai đồng tính trẻ tuổi đang sống cùng mẹ tại một thị trấn nhỏ. Sự tồn tại của anh vốn dĩ trôi qua trong sự lặng lẽ cho đến khi cuộc gặp gỡ định mệnh với người đàn ông bí ẩn tên Leo xuất hiện.
Sau một đêm ngắn ngủi chia sẻ cùng nhau, những cảm xúc bị đè nén trong lòng Haru bắt đầu trỗi dậy mạnh mẽ. Nỗi khao khát cháy bỏng cùng sự bất an sâu thẳm dần nở rộ, làm xáo trộn thế giới vốn dĩ khép kín và đơn điệu bấy lâu nay của anh.