Bộ phim Lỗ Trí Thâm đưa khán giả ngược dòng thời gian về thời Bắc Tống, theo chân nhân vật chính sau khi gây án mạng và phải lánh nạn tại Tu viện Wenshu trên núi Wutai. Tại đây, anh chọn con đường xuất gia để tu tập nhưng bản tính nóng nảy cùng ham muốn giết chóc vẫn luôn âm thầm trỗi dậy.
Để rèn giũa bản thân, anh được các bậc trưởng lão gửi đến chùa Daxiangguo tại kinh thành Biện Lương. Trên hành trình này, tận mắt chứng kiến nhiều mảnh đời bất hạnh và sự bất công trong xã hội, anh bắt đầu cảm thấy day dứt về những sai lầm trong quá khứ.
Sự chuyển biến tâm lý của Lỗ Trí Thâm lên đến đỉnh điểm khi anh đối mặt với nạn tham nhũng cùng hành vi tàn độc của các quan lại đối với dân lành. Trước cảnh lầm than của người vô tội, ngọn lửa phẫn nộ trong anh bùng cháy dữ dội, thôi thúc vị sư này đứng lên đòi lại công lý bằng chính sức mạnh võ thuật của mình.