Sát Thủ: Mật Danh 47 đưa khán giả theo chân một sát thủ chuyên nghiệp, kẻ vốn là kết quả từ một cuộc thí nghiệm người nhân tạo đầy tham vọng. Với bộ gen được biến đổi đặc biệt, anh sở hữu sức mạnh, tốc độ, sự dẻo dai cùng trí tuệ vượt trội hơn hẳn người bình thường để thực hiện những phi vụ nguy hiểm nhất.
Vì là mẫu thử nghiệm thành công duy nhất, nhân vật chính nhanh chóng trở thành mục tiêu săn đuổi gắt gao của các tập đoàn hắc ám và chính phủ. Hành trình của anh không chỉ là những pha hành động kịch tính mà còn là cuộc chiến sinh tồn đầy cam go nhằm thoát khỏi sự truy sát không ngừng nghỉ.